ОСНОВНЫЕ ПРИЧИНЫ:
1. Пониженная яркость...
2. Недостаточно высокая частота обновления изображения на экране, ниже 120 Герц (норма на каждый глаз по 60 Герц)...
3. Неестественная компоновка и ошибки в самом 3D изображении...
4. Сильное двоение из-за неправильно выставленных пропорций, при просмотре стереопары на 3D телевизоре...

Если картинка подаётся неправильно, или само видео было создано с ошибками, то это неизбежно ведёт к ошибкам восприятия. Всё это, в основном и подогревает разговоры о вреде 3D видео. Из всех перчисленных выше причин, только в одной от Вас лично ничего не зависит. Всего-то надо правильно подать 3D и никакого вреда не будет, главное чтобы ваш мозг посчитал такую картинку правдоподобной, а изображение не вызывало дискомфорта. Практические советы:

1. Отсутствие яркости, или проще - слишком тёмная картинка. Такое часто происходит в кинотеатрах, когда в кинотеатре транслируют 3D фильм с яркостью обычного 2D фильма. По незнанию, или в целях экономии, не учитывается тот факт, что 3D картинка при просмотре в 3D очках становится в два раза темнее.
Чем темнее изображение, тем сильнее напрягаются и устают наши глаза, и мы как итог получаем головную боль. Виноват не сам фильм, а тот, кто Вам его показывал.
Этим дефектом часто грешат те кинотеатры, которые показывают фильмы в Анаглифе (очки со светофильтрами) Показ такого 3D фильма может осуществляться с обычного проектора, достаточно выдать зрителю очки. Ну а поскольку в стандартном проекторе мощности лампы и её охлаждения хватает только для обычного кино, излишняя яркость может попросту сжечь плёнку. Яркость при показе 3D фильма с такого проектора уже по определению будет на недопустимо низком уровне.
Низкую яркость 3D-изображения можно получить при просмотре в Анаглифе и на простом телевизоре. Он также может выдать вам недостаточно яркую картинку. При выборе ЖК телевизора рекомендуем обратить внимания, что существуют два типа подсвечивания изображения. Это подсветка, при помощи лампы встроенной за экраном и LED (светодиодная) более яркая и ровная подсветка. Второй вариант телевизора дороже, но несравнимо лучше отразиться на вашем самочувствии при просмотре 3D фильмов.

2. Вторая беда - низкая частота обновления экрана, касается в основном технологии затворных ЖК очков - беда возникает в случаи, если Ваш телевизор не поддерживает достаточно высокую частоту обновления. Хотя если копнуть глубже, то и при просмотре фильма в Анаглифе (очки со светофильтрами), если на Вашем телевизоре или мониторе компьютера выставлена слишком низкая частота, вы рискуете вместо просмотра получить головную боль. Ваш телевизор в режиме 3D должен стараться за двоих, посему, его частота обновления должна превышать, вдвое привычную для простого вещания частоту. Для обычного телевизора и монитора этот минимум составляет 60 Герц, следовательно, нам для комфортного восприятия 3D картинки необходимо, чтобы телевизор, или монитор, могли выдавать изображение с частотой обновления по 60 Герц для каждого глаза, отсюда общая суммарная частота должна составлять минимум 120 Герц.
Как характерный пример профанации, могу привести некий демонстрационный стенд, способствующий полной дискредитации идеи 3D.
Установили его в неком компьютерном магазине - "Хотели как лучше, а получилось как всегда!"
Компьютер и монитор на этом стенде выдавали 3D изображение с частотой всего 60 Герц. Выходило по 30 герц на глаз. Причиной был не сам монитор, дело было в системном блоке и операционной системе. В отличии от 3D телевизора, частотой монитора управляет операционная система компьютера, и в системе была задана частота по умолчанию, для обычного 2D режима. Надев ЖК очки, Я не смог продержаться и 10 секунд, как глаза от мерцания полезли на лоб.
От подобных бестолковых демонстраций и произрастают мифы о вреде мерцания при переключении шторок на очках. Это всё лукавый перебор, мы всю жизнь живём при мерцании, ламп, телевизоров и прочей "бесовской нечисти" и никто от этого ещё пока не спёкся, если это мерцание конечно не ниже допустимых норм, то для нас оно сливается в одно единое свечение и воспринять его как мерцание просто невозможно. Если Вы в своих 3D очках заметили мерцание экрана, то отсюда следует вывод, что чередование идёт с неприемлемо низкой частотой, ниже чем заявлена для безопасного использования.

3. Третья причина головных болей, которая уже не зависит от Вашего оборудования и, к сожалению, иногда встречается - это неестественная компоновка и ошибки в самом 3D изображении. Мы имеем дело с относительно новым и дорогим в изготовлении процессом. По этому существуют фильмы, к счастью таковых немного, которые не полностью сняли 3D камерой, которые снимались только эпизодически и дорабатывались в студии. Несмотря на заявленное 3D, в таковых есть только несколько 3D сцен, а всё остальное псевдо и как бы…
В этом псевдо могут поработать мастера компьютерной графики и перебрать с правильно расстановкой объектов для правого и левого глаза. И вот Ваш мозг начинает осознавать при виде этой картинки что-то неладное, а глаза и того хуже собираться в кучку. Так как это перемежёвывается с нормальными 3D сценами, Вы ощущаете дискомфорт постепенно на уровне подсознания. Как правило, это не так страшно, просто нужно приучить себя к таким сюрпризам и всё встанет на свои места.
Тут сразу надо оговориться, что реалистичное 3D на экране всё-таки не такое как в жизни. Назовём его немного приукрашенным. Сказочный мир кинематографа, на то и сказочный, чтобы не быть похожим на настоящую реальность, по этому при первых просмотрах, дайте глазам и мозгу привыкнуть к новой реальности и дальше всё как при езде на велосипеде, станет привычным и уже не забудется никогда. Просто расслабьтесь и наслаждайтесь картинкой. Не пытайтесь в такие моменты напрягаться и сосредотачиваться на временном секундном дискомфорте. Чем быстрее от него отвлечётесь, тем быстрее он пройдёт.

4. Существует ещё один аспект. Глаза гарантированно соберутся в кучку от неправильно выставленных пропорций, при просмотре стереопары на 3D телевизоре. Слишком большое и неестественное двоении, и Вы получаете картинку, на которой сложно сфокусироваться. Такое может произойти по двум причинам. Либо сама стереопара была создана с ошибками, либо наиболее вероятное, что Вы сами неправильно выставили пропорции на медиа приставке при помощи, которой Вы воспроизводите стереопару. ( о стереопарах )

Тем, у кого плохое зрение, также следует не забывать о том, что всё надо умножать на два. Если у Вас нет очков, или линз в глазах, то вам 3D изображение будет видно в два раза хуже, чем при просмотре 2D фильма без очков или линз. Напомним, что для людей с плохим зрением, оправа 3D очков сделана так чтобы их можно было надевать поверх других очков.

P.S: И незабывайте протирать 3D очки перед просмотром. Если они заляпаны, то всё выше изложенное не столь важно, уже только эта незначительная мелочь может помешать правильно сфокусировать глаза.